在氧化沟的实际运行中，与控制MLSS相比，有的专家建议控制F/M更合理。
污水厂每日的Q、F变较大，尤其是小型污水处理厂（Q、F的变化见示意图），有机负荷F/M不易控制，只有通过调节回流量QR实现。这样，实际操作时，就使回流量变化较大，回流比可能达到100％。
污水厂进水流量和浓度的变化示意图
美国一些污水厂就是利用上述方法来控制有机负荷F/M的，有些厂甚至把废水流量Q和回流污泥QR，通过自动化系统连接起来运行控制，然而实地考察结果并不好。
有人认为二次沉淀池效果不好的原因是F/M未能维持恒定所造成的。而事实上，当废水流量Q增大，Q＋QR也增大，这样容易使二沉池的泥层上升，导致运行效果变差。对于大型污水处理厂，对有机负荷F/M的控制较容易，因为大厂污水进水流量Q较稳定。
在氧化沟污水厂的实际运行中，操作人员应结合本厂的运行实践，借助一些实验手段，选择最佳的F/M值。一般来说，废水温度较高时，F/M可高一些，反之，温度较低时，F/M应低一些。对出水水质要求较高时，F/M应低一些，反之，可高一些。当废水中工业废水成分较多，有机污染物质较难降解时，F/M应低一些，反之，可高一些。
传统活性污泥工艺的F/M一般在0.2～0.5kgBOD5/kgMLVSS·d范围内，氧化沟的F/M一般在0.05～0.15kgBOD/kgMLVSS·d范围内。
